Apogee war der erste Spieleentwickler, der cheat-codes und -modes in seinen Spielen verwendete, die heutzutage in nahezu jedem Spiel vorhanden sind. Apogee war auch die erste Firma, die Shareware auf den Markt und somit zum Erfolg brachte (1987); 1991 folgte mit Epic MegaGames eine weitere, seitdem Dutzende andere Firmen. Des Weiteren war Apogee der erste Shareware-Händler, der für andere Autoren und Teams ihre Spiele als Shareware veröffentlichte, vermarktete und verkaufte.

Apogees Dark Ages war 1991 das erste Sharewarespiel mit Musik und Soundkarten-Unterstützung. 1991 war Apogee der erste Shareware-Spielehändler mit einem home bulletin board system (Software Creations BBS), und damit einem Verkaufsnetzwerk (es erreichte über 5000 Downloads in der Spitze). BBSs waren die bevorzugten Verkaufsmechanismen, bevor das Internet populär wurde. Das BBS wurde von drei auf über 150 Anschlüsse aufgestockt und war zwei Jahre lang das Meistbesuchte.

Im Juni 1991 erschien das Original Duke Nukem, ein 2D-Shooter, und wurde zur meistverkauften Sharewaresoftware 1991 und 1992, bevor dann im Juni 1992 durch Apogees Auftrag und finanzielle Hilfe id Softwares Wolfenstein 3D herauskam, der erste First-Person-3D-Shooter der Welt mit gewalttätigem Inhalt, vor dem der Benutzer freiwillig gewarnt wurde. Nach dem Erfolg von Wolfenstein 3D beauftragte Apogee im August 1993 Tom Hall, den ehemaligen Begründer und Besitzer von id-Software, mittlerweile zu Apogee gewechselt, wo er Rise of the Triad bis zum Erscheinen im Dezember 1994 entwickelte, das erste Spiel, das neben LAN-Unterstützung und Multiplayerfunktion auch eine einstellbare Jugendschutzfunktion mitbrachte. Es wurden 150.000 Kopien verkauft, nach Fachkreisen mehr als erfolgreich.

Im April 1994 kam das Spiel Raptor, ein vertikal scrollendes Shoot ’em up. 1994 gründete man auch die Firma Pinball Wizards. Pinball Wizards entwickelte Balls of Steel und verschwand recht bald. Im Mai 1995 folgte Terminal Velocity, nicht nur das erste Spiel von 3D Realms, gegründet von Apogee im Juli 1994, sondern auch das erste Spiel, das in einem Magazin vorgestellt wurde, noch bevor dieses auf den Markt kam. Im Januar 1996 folgte 3D Realms' Duke Nukem 3D. Im November 1996 kam Apogees letztes Spiel heraus, mit dem Titel Stargunner. Dies war das Ende der Spiele unter dem Namen Apogee, man konzentrierte sich nun auf 3D Realms, wodurch man seit einigen Jahren größtenteils durch sein Label 3D Realms in Erscheinung tritt. Eine Umbenennung in 3D Realms o. ä. fand nicht statt und Apogee besteht bis heute.

Da die beiden berühmtesten Entwickler in Sachen First Person Shooter, nämlich id Software und 3D Realms, in dieser Spieleschmiede vereint waren, kann man sagen, dass Apogee auch die Geburtsstätte des FPS-Genres darstellt.

Heutzutage werden einige ältere Titel, die nicht mehr weiterentwickelt werden, als Freeware auf der 3D Realms-Webseite zum Download angeboten.

Zudem wurde am 14. Juli 2008 bekannt, dass Apogee Software drei Episoden von Duke Nukem 3D auf zwei Handhelds (Playstation Portable und Nintendo DS) veröffentlichen wird. Noch im Jahre 2008 soll es soweit sein.