Im Jahr 2072 erledigt der vom Spieler gelenkte Protagonist auf der Raumstation Citadel einen Hacker-Auftrag für „Edward Diego“, den korrupten Vizepräsidenten der „TriOptimum Corporation“. Er erhält Level-eins-Zugriff auf die Künstliche Intelligenz S.H.O.D.A.N., die Citadel kontrolliert, und entfernt ihre ethischen Beschränkungen. Zur Belohnung erhält er Amnestie und ein militärisches Cyberspace-Interface. Als er nach seinem sechsmonatigen künstlichen Heilungsschlaf erwacht, muss er feststellen, dass die Besatzung der Station größtenteils tot oder zu Monstern mutiert ist.

Im Verlauf der weiteren Handlung findet der Spieler heraus, dass S.H.O.D.A.N. größenwahnsinnig geworden ist, alle anderen Menschen auf der Station getötet oder in Cyborgs umgewandelt hat und nun die Menschheit bedroht. Der Spieler muss sich durch die verschiedenen Decks der Station durchkämpfen, erfährt dabei immer mehr von der Verschwörung S.H.O.D.A.N.s und muss diverse Attacken auf die Erde vereiteln. Auf dem Weg zum Brückendeck besiegt er den ebenfalls zum Cyborg umgeformten Diego und stellt sich zum Showdown der KI im Cyberspace.