Puzzle Chronicles wurde von dem für seine innovativen Denksport-Spiele bekannten Studio Infinite Interactive entwickelt und mischt Puzzles mit einer Rollenspiel-Thematik. Daraus ergibt sich eine beständig fortschreitende Geschichte, in deren Verlauf die Spieler ihren Charakter durch das Meistern verschiedener Rätsel-Herausforderungen und Besiegen von Gegnern weiterentwickeln.

Puzzle Chronicles spielt in der wilden Ödnis des Königreichs Asharin. Ein despotischer König nahm die Gefährten des Spielers gefangen, was diesen nun auf Rache sinnen lässt. Um den korrupten Monarchen zu stürzen und das Königreich zu befreien, müssen die Spieler ihren Charakter zu einem mächtigen Krieger entwickeln, indem sie schnell und richtig kombinieren.

Der Haupt-Bildschirm ist zweigeteilt: Sowohl in den Bereich des Spielers als auch in jenen seines Gegners fallen unterschiedlich gefärbte Edelsteine diverser Größen. Sobald gleichfarbige Steine aktiviert sind, werden sie aus dem Spiel entfernt und lösen bestimmte Zaubersprüche oder auch physische Attacken auf den Gegner aus. Bisweilen erhalten die Spieler auch wertvolle Gegenstände, welche im Verlauf des Spiels genutzt werden können. Dabei verfügt jeder Gegner über bestimmte magische oder kämpferische Fähigkeiten, weshalb die Spieler gezwungen sind, ihre Strategien beständig anzupassen.

Ein Kampf ist immer dann gewonnen, wenn die Energie des jeweiligen Widersachers komplett zur Neige gegangen ist; der Sieger erhält anschließend Erfahrungspunkte und wichtige, neue Fähigkeiten. Mit Hilfe dieser Fähigkeiten können die Spieler ihren Charakter mit neuen Waffen und besserer Rüstung ausstatten, welche sie benötigen, um die mächtigeren Gegner im Spiel zu besiegen. Auch gibt es die Möglichkeit, Tiere aufzuziehen und zu trainieren, die dem Spieler im Kampf hilfreich zur Seite stehen. Und schließlich erhalten die Spieler nach dem Sieg über bestimmte Gegner wertvolle Tipps zu den Aufenthaltsorten versteckter Schätze und nützlicher Accessoires.

Puzzle Chronicles bietet zudem verschiedene, vom Hauptspiel abgekoppelte Level sowie Nebenbereiche, deren Schauplätze der Spieler erforschen kann. Dort lassen sich Schätze und eine Vielzahl spezieller, magischer Gegenstände erbeuten, was den Wiederspielwert des Titels erheblich erhöht.