Der neue Titel wurde von Grund auf überarbeitet: Neue Spieler-Modelle, KI-Elemente und Bewegungs-Routinen bilden die Grundlage für einen Fußball-Titel, der neue Maßstäbe setzt in Sachen Realismus und Spielbarkeit. Doch das Herz von PES 2009 sind zwei neue Modi, dank derer die Spieler ihre Herangehensweise an das Spiel von Grund auf überdenken müssen.

Nicht nur in Sachen Realismus, auch beim Aussehen wurde PES 2009 einer grundlegenden Überarbeitung unterzogen. Die Stadien sind nun noch realer und mit zahlreichen atmosphärischen Elementen gestaltet, während die PLAYSTATION 3 und Xbox 360 Versionen sogar über LED Anzeigetafeln verfügen. Die Art und Weise, wie die Distanzen angezeigt werden, wurde ebenfalls verändert: Mehr Kontrast verleiht dem Geschehen auf dem Spielfeld zusätzliche Tiefe, während es gleichzeitig eine neue vertikale Kamera gibt, die während entscheidender Zweikämpfe automatisch in Nahaufnahme schaltet.

Die Spielermodelle wurden mit neuen Gesichts- und Körper-Details komplett neu gestaltet. Auch der Editier-Modus wurde aufgebohrt. Die User können nun Spieler-Gesichter, Trikots und sogar Sound Files mit spezieller Musik oder Fangesängen importieren und auf diese Weise individuelle und maßgeschneiderte Matches erstellen und absolvieren. Das neue Pixel Paint System macht zudem die Gestaltung eigener Klub-Wappen und -Abzeichen möglich, die sich der eigenen Ausrüstung hinzufügen lassen.