METAL GEAR SOLID: SNAKE EATER 3D spielt zur Zeit des Kalten Krieges in den 1960er Jahren. Snake, Held der Serie, begibt sich in die Wildnis der Sowjetunion, um einen Wissenschaftler zu befreien, der dort gegen seinen Willen festgehalten wird. Das Abenteuer beginnt in der Umgebung eines militärischen Lagers. Snake nutzt seine Fähigkeiten zum Tarnen und Täuschen sowie die üppige Vegetation, um sich unerkannt bis zu den Gebäuden zu schleichen. Im Verlaufe des Spiels entfaltet sich eine dramatische Story. Alte Bekannte tauchen auf – nicht immer zur Freude des Helden, und eine Vielzahl einzigartiger Endgegner muss überwunden werden. Am Ende wird Snake schließlich mit einer entscheidenden Figur seiner Vergangenheit konfrontiert...