
Der 1999-Modus ist für Spieler gedacht, die sich nach den Zeiten sehnen, in denen Videospiele den Spielern noch mehr abverlangten. Er enthält Änderungen und Features, die BioShock-Fans bei einem normalen Spieldurchlauf nicht zu Gesicht bekommen werden, unabhängig vom gewählten Schwierigkeitsgrad.
Ken Levine, Creative Director bei Irrational Games, erklärte: "Wir wollen unseren älteren und hartgesotteneren Fans die Möglichkeit bieten, zu den Wurzeln zurückzukehren. Im 1999-Modus müssen die Spieler mit den dauerhaften Folgen ihrer Entscheidungen im Spiel leben. In BioShock Infinite müssen die Spieler die Konsequenzen ihrer Handlungen ausbaden. Im 1999-Modus müssen die Spieler sich für Spezialisierungen entscheiden und sich auf sie konzentrieren."
Zusätzlich zu diesen dauerhaften Entscheidungen fordert der 1999-Modus ein geschicktes Waffen-, Kraft- und Gesundheitsmanagement. Das Spiel bezieht auch einen deutlich härteren Standpunkt in Bezug auf den Wiedereinstieg des Spielers und schickt ihn direkt zu einem "Game Over"-Bildschirm, wenn er oder sie nicht über ausreichende Ressourcen verfügt, um wieder zum Leben erweckt zu werden.